土壤，是由一層層厚度各異的礦物質(zhì)成分所組成大自然主體。土壤和母質(zhì)層的區(qū)別表現(xiàn)在于形態(tài)、物理特性、化學(xué)特性以及礦物學(xué)特性等方面。由于地殼、水蒸氣、大氣和生物圈的相互作用，土層有別于母質(zhì)層。它是礦物和有機物的混合組成部分，存在著固體，氣體和液體狀態(tài)。疏松的土壤微粒組合起來，形成充滿間隙的土壤的形式。這些孔隙中含有溶解溶液(液體)和空氣(氣體)，因此，土壤通常被視為有多種狀態(tài) 。
提取土壤中微生物、動植物等的DNA是在分子水平上研究生態(tài)、環(huán)境保護與修復(fù)及菌種篩選等的基礎(chǔ)。土壤的成分包括礦物質(zhì)、粘土等無機物、植物、腐殖物質(zhì)等土壤有機物以及在土壤中存在的微生物，其中絕大部分的微生物都是無法直接培養(yǎng)進行繁殖和研究，從土壤樣品中提取DNA是研究土壤微生物為有效的方法。
在整個提取的過程中，腐殖質(zhì)是大的干擾因素。腐殖質(zhì)是已死的生物體在土壤中經(jīng)微生物分解而形成的有機物質(zhì)，含有植物生長發(fā)育所需要的一些元素，能改善土壤，增加肥力。主要方法是幫助增加可以讓空氣和水進入的空隙，也同樣產(chǎn)生植物必須的氮，硫，鉀和磷。動植物殘體在微生物作用下形成簡單化合物的同時又重新合成復(fù)雜的高分子化合物。但是由于腐殖物質(zhì)的性質(zhì)與DNA十分相似，從土壤中提取的DNA的同時也會將將腐殖質(zhì)等物質(zhì)一起純化，因而采用一般的DNA提取方法很難除去腐殖物質(zhì)等抑制因子，再加上這些腐殖物質(zhì)會抑制聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)及限制性酶切等，因此，*去除腐殖物質(zhì)等抑制因子是整個操作過程中的重點，也是難點。
目前從土壤樣品中提取微生物DNA的方法主要有直接法和間接法。直接法是指將土壤樣品放在裂解液中，經(jīng)過有效的破壁方法使微生物的DNA全部釋放到裂解液中，然后再進行分離提取的方法。間接法是指將土壤放在一種的緩沖液中，如Buffer PBS等，把微生物從土壤中分離出來，然后再進行DNA的提取。間接法可大大降低土壤中腐殖酸，重金屬鹽對DNA提取帶來的影響，但是這種方法會丟失許多微生物，得到的DNA并非土壤樣品中的全基因組(宏基因組)，間接法使用的已經(jīng)很少了。
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